ActinOmics: Bioprospection et génomique d’actinobactéries isolées de la lagune Marchica

Swiss partners

• Zürcher Hochschule für Angewandte Wissenschaften ZHAW: Joël F. Pothier (main applicant)

Partners in the MENA region

• Université Ibn Tofaïl, Kénitra, Morocco: Salah Eddine Samri (main applicant)

Presentation of the project

L’utilisation massive et excessive des antibiotiques en médecine a conduit à l'émergence et à la propagation d'agents pathogènes multirésistants, ce qui a rendu le traitement par les antibiotiques habituels inefficaces. A ce phénomène d’antibiorésistance s’ajoute l’émergence de nouvelles maladies infectieuses, souvent zoonotiques, chez l’Homme. D’où l’intérêt pour la recherche de nouveaux composés bioactifs. Les actinobactéries sont considérées parmi les microorganismes les plus producteurs de métabolite secondaire. Les membres de l'ordre des Actinomycetales, en particulier le genre *Streptomyces*, ont été la principale source d'agents thérapeutiques. Actuellement, un intérêt croissant est porté à l’isolement et au criblage des actinobactéries issus de différents habitats et notamment des écosystèmes marins. La lagune Marchica (Nador, Maroc) est un milieu encore inexploré abritant une forte biodiversité microbiologique. La bioprospection de cet habitat pour de nouveaux composés bioactifs passe par la combinaison entre les stratégies classiques basées sur l’isolement de bactéries et les approches modernes basées sur le séquençage puis l'exploration des génomes afin d’identifier des gènes ou cluster de gène qui codent la synthèse de métabolites bioactifs.

Le projet ActinOmics, proposé dans le cadre du programme de coopération entre la Suisse et le Maroc, constitue une proposition originale et une tentative innovante pour l’étude du potentiel biotechnologique d’un écosystème unique : la lagune Marchica. L’isolement de nouvelles souches autochtones permettra la découverte de nouveaux composés naturels, et le développement possible de produits ayant des applications thérapeutiques. Le projet fournira également les premiers résultats sur la biodiversité microbienne de cet habitat inexploré, à la suite de l’analyse génomique approfondie des souches d’actinobactéries sélectionnées.