PERPHECT: Réseaux générateurs profonds pour l'édition génétique de bactériophages
Ingénierie et Architecture Vaud
Notre but est d’appliquer l'intelligence artificielle (IA) pour guider l'ingénierie génétique des phages, augmenter la vitesse à laquelle leurs génomes peuvent être modifiés et améliorer leur efficacité. Nous visons à explorer et à évaluer des méthodes, capables de générer des séquences ADN et ainsi cibler les modifications génétiques à appliquer pour optimiser l'interaction phage-bactérie. Le projet se concentre sur l’utilisation d’un modèle génératif où deux réseaux collaborent. Le premier, le générateur, produit une séquence génétique très similaire à celles qui existent dans la nature. Le second, le discriminateur, prédit les interactions du phage avec la bactérie cible à partir des séquences génétiques générées. Il essaie, en plus, de détecter si la séquence est proche de la réalité ou bien si elle est artificielle et sans valeur biologique.
Ce projet contribuera à mieux comprendre l’organisation des génomes de phage et d’identifier les mécanismes clés dans les interactions phages-bactéries. La capacité de guider l'ingénierie génétique des phages par une approche basée sur l’IA permettra de générer ou modifier leur génome pour obtenir des phages efficaces contre une bactérie cible. Ces méthodologies ouvriront la voie à une stratégie antibactérienne efficiente, qui aura un impact essentiel sur le traitement futur des infections bactériennes et sur le développement de l’ingénierie génétique.