PERPHECT: Réseaux générateurs profonds pour l'édition génétique de bactériophages | HES⁠-⁠SO Haute école spécialisée de Suisse occidentale
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PERPHECT: Réseaux générateurs profonds pour l'édition génétique de bactériophages

La phagothérapie est une approche thérapeutique qui utilise des virus bactériophages afin de traiter des maladies d’origine bactérienne. Un bactériophage ne tuera qu’une seule souche bactérienne ce qui en fait un outil extrêmement précis. Cependant son utilisation est entravée par la difficulté à trouver les phages adéquats. Cette étude menée par le professeur Carlos Peña de la HEIG-VD et soutenue par le programme SPARK du FNS va explorer l’impact de l'intelligence artificielle pour guider l'ingénierie génétique des phages afin de leur octroyer la capacité de détruire une bactérie cible.

Notre but est d’appliquer l'intelligence artificielle (IA) pour guider l'ingénierie génétique des phages, augmenter la vitesse à laquelle leurs génomes peuvent être modifiés et améliorer leur efficacité. Nous visons à explorer et à évaluer des méthodes, capables de générer des séquences ADN et ainsi cibler les modifications génétiques à appliquer pour optimiser l'interaction phage-bactérie. Le projet se concentre sur l’utilisation d’un modèle génératif où deux réseaux collaborent. Le premier, le générateur, produit une séquence génétique très similaire à celles qui existent dans la nature. Le second, le discriminateur, prédit les interactions du phage avec la bactérie cible à partir des séquences génétiques générées. Il essaie, en plus, de détecter si la séquence est proche de la réalité ou bien si elle est artificielle et sans valeur biologique.

Ce projet contribuera à mieux comprendre l’organisation des génomes de phage et d’identifier les mécanismes clés dans les interactions phages-bactéries. La capacité de guider l'ingénierie génétique des phages par une approche basée sur l’IA permettra de générer ou modifier leur génome pour obtenir des phages efficaces contre une bactérie cible. Ces méthodologies ouvriront la voie à une stratégie antibactérienne efficiente, qui aura un impact essentiel sur le traitement futur des infections bactériennes et sur le développement de l’ingénierie génétique.

> Lire l'article «Succès de la recherche HES⁠-⁠SO dans le cadre du programme SPARK du FNS»
> Site internet programme SPARK FNS

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