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Une plate-forme de génomique appliquée à hepia

L’Institut Terre Nature Environnement (inTNE) de hepia s’est doté de séquenceurs d’ADN de 3ème génération permettant d’effectuer des travaux de séquençage de l’ADN, dans une très grande diversité de thématiques.
Ci-dessus : le séquenceur miniaturisé MiniSeq (Illumina)

Ces équipements de séquençage matérialisent une plate-forme de génomique appliquée à hepia, localisée dans les laboratoires du groupe Plantes et Pathogènes. Il s’agit d’un nano séquenceur Minion MK1b (Oxford Nanopore Technologies) et d’un séquenceur parallèle de masse MiniSeq (Illumina). Ces équipements permettent de réaliser des travaux de métagénomique ou de métatranscriptomique 

La métagénomique c’est l’étude concomitante de tous les génomes d’une communauté de microorganismes procaryotes et eucaryotes dans un environnement donné. Elle permet d’allouer une identité génétique ou fonctionnelle à des fragments d’ADN d’origine inconnue. La métatrancriptomique donne une image réelle des gènes exprimés, donc des fonctions actives et de leur niveau d’expression. 

Applications

Les premiers travaux de métagénomique en écologie microbienne intestinale ont décrit une diversité bactérienne d’une richesse jusqu’alors inconnue. D’autres applications sont maintenant explorées dans l’agroalimentaire, l’agriculture et l’environnement. La métagénomique permet de comprendre les microbiotes associés aux sols cultivés, aux plantes et animaux domestiques, mais également à la nourriture produite. Ces connaissances aident à la détection d’organismes pathogènes dans les cultures, les élevages, dans les produits alimentaires et à la prévention des maladies. Cela permettra de développer de nouvelles pratiques agricoles utilisant les avantages de communautés bactériennes bénéfiques associés aux plantes et aux animaux. 

En biotechnologie, on peut en attendre le développement de nouveaux produits alimentaires, pharmaceutiques et industriels. Ces connaissances impacteront la sécurité alimentaire, le contrôle de qualité, l’amélioration des processus de fabrication et de conservation des aliments. Les microbiotes des milieux naturels, des plantes et animaux sauvages peuvent aussi être analysés de même que les macroorganismes par les traces laissées dans l’environnement. La métagénomique sera donc grâce à l’analyse de l’ADN environnemental un outil majeur de la génétique des paysages et de l’environnement. 

En génie de l’environnement, la compréhension de ces microbiotes permettra d’améliorer les processus de traitement biologique des eaux usées, de développer les techniques de bioremédiation par les champignons et les bactéries, et donc de remédier les dommages causés à l’environnement causés par les fuites d’hydrocarbures et les pollutions chimiques des eaux. Cette plateforme de génomique appliquée permet d’offrir ces technologies aux équipes HES-SO du domaine Ingénierie et Architecture, en particulier en biotechnologie, en bio-ingénierie, en agroalimentaire, en génie de l’environnement, en écologie et en  agronomie, domaines dans lesquels ces technologies deviennent incontournables. 

Informations :  Institut Terre Nature et Environnement 

Publié le 12.10.2016
  Photo1 : Le séquenceur miniaturisé MiniSeq   Le nano séquenceur Minion MK1b (Nanopore Technologies)

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